조 전 비서관은 형사1부(부장검사 정수봉)에서 국정개입 의혹 보도에 따른 명예훼손 사건과 특수2부(부장검사 임관혁)에서 문건 유출 사건에 대한 조사를 따로 받을 예정이다. 검찰은 조 전 비서관에게 문건 작성을 지시한 경위와 내용의 진위 여부 등을 따지고, 문건 유출을 둘러싼 의혹에 대해 집중적으로 조사할 계획이다.

조 전 비서관은 이번 사태의 핵심인물인 정윤회씨와 청와대 핵심 비서관 3인방(청와대 이재만 총무비서관, 정호성 제1부속비서관, 안봉근 제2부속비서관)의 국정 개입 의혹이 담긴 ‘靑비서실장 교체설 VIP(정윤회) 동향’ 문건을 생산한 전 청와대 공직기강비서관실 행정관 박관천 경정의 직속상관이었다.

조 전 비서관은 박 경정에게 문건 작성을 지시하고 관련 내용을 홍경식 전 청와대 민정수석과 김기춘 비서실장에게 서면이나 구두로 보고한 것으로 알려졌다.

이날 오전 10시께 검찰 청사에 나타난 조 전 비서관은 “주어진 소임을 성실히 수행했을 뿐 함께 일했던 부하 직원들에게 불법적인 일을 지시한 적은 없다”며, 검찰 조사에서 자신이 알고 있는 진실을 성실히 전달하겠다고 말했다.

조 전 비서관은 유출된 문건 내용이 낭설에 불과하다는 청와대의 일축에 대해 “6할 이상의 신빙성을 갖고 있다”고 강조하며 “상부 보고의 대상”이었다고 반박하기도 했다.

한편 검찰은 조 전 비서관에 앞서 문건을 작성한 박 경정을 지난 4일 오전 소환해 이날 새벽 4시 40분까지 19시간 넘게 고강도 조사를 진행했다.